Jezioro Czorsztyńskie wraz z położonym niżej Jeziorem Sromowskim są najmłodszymi zbiornikami zaporowymi w Polsce. Jeszcze przed rozpoczęciem inwestycji budowa zapory na Dunajcu budziła wiele kontrowersji i organizowano liczne protesty. Ścierały się argumenty „za”, czyli: regulacja kapryśnego Dunajca, likwidacja niebezpieczeństwa powodzi, źródło taniej energii elektrycznej dla okolicy. Wśród argumentów „przeciw” najczęstsze były: nieodwracalna dewastacja przyrody i krajobrazu pienińskiego, zalanie części wsi, zagrożenie dla okolicznych zabytków. Pomimo protestów inwestycję ukończono w 1997 r. i natychmiast udowodniła ona swoją przydatność w czasie wielkiej powodzi, chroniąc okolicę przed jej dramatycznymi skutkami.
Powierzchnia Jeziora Czorsztyńskiego utworzonego na Dunajcu wynosi ok. 10 km2 i jest ono zamknięte zaporą o wysokości 56 m. Wokół zbiornika w szybkim tempie powstała baza rekreacyjno-turystyczna.